虽然被明确宣布撤稿的论文只是大量科学论文中的极少数，但是，撤稿的阴影无疑会影响到公众对科学研究的信任。
在美国《科学家》杂志评选出的2014年十大论文撤稿事件中，小保方晴子的STAP细胞论文显而易见列在首位，但是其他被撤销的论文的负面影响也不可低估。
艾滋病疫苗一直是世界科学研究的顶尖项目之一，社会的需求和公众的期盼自然激励了更多的研究人员投身于这一研究。美国爱荷华州立大学的生物医学副教授Dong-Pyou Han正是利用这种期盼心理，在研究中夹入了自己的私货。
Han在2014年2月的《逆转录病毒学》杂志发表论文称，兔子在接种他们研发的艾滋病疫苗后产生了能够中和多种艾滋病病毒的抗体，即能抗御艾滋病，由此从美国国立卫生研究院（简称NIH）获得了1000万美元的经费。但是，另外一个实验室的研究人员对其研究进行重复检验时发现，兔子血清中所含抗体是人类抗体。随后NIH介入调查，Han不得不承认是伪造实验数据的研究结果。
软件生成论文
如果说Han的论文造假只是科学论文中的极少数，那么，涉及计算机软件生成的论文造假就称得上大量了。2005年，美国麻省理工学院（MIT）的研究人员研发了一种计算机软件SCIgen，研究人员的目的主要是想证明由计算机编造的论文是否会被严谨的经同行评议的学术期刊接受。这个软件可以免费下载，理论上任何人都可以随时用这个软件制造大量的论文。
这个情况引起了法国约瑟夫·傅立叶大学计算机科学家拉贝（Cyril Labb）的注意，他通过对2008年到2013年期间三十多次会议论文集进行分析，发现由SCIgen生成的论文在德国斯普林格出版社（Springer）公开出版的有16篇，而在美国电气和电子工程师协会（IEEE）的出版物上公开发表的有一百多篇。拉贝以私人通讯方式把他查询的结果告诉了两家出版社，这两家出版社称，现在已经删除了这些论文。其中，斯普林格出版社和IEEE称，他们已经和作者编辑进行了沟通，这些会议论文经过了同行评议，但是，为什么这些论文会被接受，IEEE没有正面回答任何问题。
令人遗憾的是，由SCIgen生成的虚拟论文会议有一些是在中国举办，大部分论文的作者标注来自中国的学术机构。更令人担心的是，拉贝在2010年曾用虚拟作者艾克·安特卡尔（Ike Antkare）制造了102篇论文，以此来验证这些虚拟论文是否会被谷歌学术收录。结果，谷歌学术不仅全部收录他的虚拟论文，而且虚拟的安特卡尔成为世界上第21位被引用次数最高的“科学家”。
更令人担心的
如果从科学研究具有可重复性的检验标准来看，已经发表的很多论文都有可能存在不真实的情况，甚至不少顶级刊物上的论文也是如此。
拜尔医学（Bayer HealthCare）的研究人员对23位科学家领导的研究小组在四家顶级学术期刊CNPS（Cell、Nature、PNAS和Science）上发表的67个实验项目的数据进行重复性实验，在得出结果后再与已经发表的67个项目的结果进行对比。结果显示，在67个项目中，仅有21%的项目（14个）实验数据（拜尔医学研究人员获得的数据）与文献数据（已发表的实验数据）一致；高达65%的项目（43个）数据不能重复；另有7%的项目（5个）能重复主要数据，4%的项目（3个）可重复部分数据。
另一项研究提出了同样的问题，甚至更严重。格伦·贝格利（C. Glenn Begley）曾担任美国生物技术公司——安进公司全球癌症研究工作的负责人长达10年，为了研发新药，贝格利研究小组首先要评估和论证在公开学术刊物上发表的研究结果，从而确保新药研发有可靠的科学依据。他们对在全球享有盛名的实验室发表在世界一流学术期刊上的53份“里程碑式”的研究论文进行重复性研究后发现，这53项研究结果中有47项结果无法重复，不能重复率达到88.68%。
讲故事与拿经费
当不能重复公开发表的论文的结果时，这些已发表的研究结果是否造假？
提出这个问题的同时也产生了另一个问题，同行进行的重复性研究是客观真实的，还是原来已发表论文的研究人员的研究结果是真实的？当然会有不少原论文作者不承认那些进行重复性研究的研究人员的结果。例如，当贝格利向一些已发表论文的研究人员求证时，后者最常见的反应是说：“你们没做对。”
对于这个疑惑，贝格利对此做出了比较令人信服的解释。他的调查发现，一些研究人员只是选择性地发表一些有利于他们的研究结果。贝格利曾与一名发表某项癌症研究结果的研究人员当面探讨。贝格利坦诚地告诉这名研究人员，他对该研究人员及其团队发表的结果逐字逐句研读，并按其方式和条件重复做了50次实验，但是，没有得出一次相同的或相似的结果。
于是，这位研究人员不得不坦承，他们的原始实验做了六次，只有其中一次得出了他们想要的结果，但他们还是将其写进论文中，因为这会是一个“完美的故事”。当然，紧跟在“完美的故事”后面的是经费和名誉。因为，在知名杂志，尤其是世界一流学术刊物上发表论文是科学家得到资金或工作的最好保证。为了得到“完美的故事”，科学家宁愿发表并非全面、客观的研究结果。
今天，在审视2014年的十大撤稿丑闻时，人们也在担心，科学研究中还有多少“完美故事”没有像STAP细胞一样被揭露出来？科学研究的结果中有多少是可以相信的？（来源：南方周末 作者：张田勘）